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[2019/06/25 by TS]
Access        since 2019/06/25

   install IRAF  
   Anaconda Install  
   GitHub IRAF install  
   TibetData Analysis  

Important commands to use pyraf
$ conda activate iraf27
$ ds9 &
$ pyraf #pyrafの起動
--> display dev$pix 1　
　　　==> ○Display on ds9 OK!!! But Headers are NG.

--> !xpaset -p ds9 fits /mnt/diskB/00SiteSurveyData/00SiteSurveyData/000_A40M_Images_Analysed/03_Ali/2013/201301/20130101A/20130101AWMMs/CM2_Gar20130101235824CWMMs.fits
　　　==> ○Display on ds9 OK!!! and ○Headers are also OK.

--> import pyds9
--> d = pyds9.DS9()
--> d.set("file /mnt/diskB/00SiteSurveyData/00SiteSurveyData/000_A40M_Images_Analysed/03_Ali/2013/201301/20130101A/20130101AWMMs/CM2_Gar20130101235824CWMMs.fits")
　　　==> ○Display on ds9 OK!!! and ○Headers are also OK.
--> surface dev$pix
--> .exit # pyrafはirafと違ってlogoutで終了できない
IRAFに関する問題点
--> display file.fits 1 ds9 に画像表示はできるが、ds9 での header 表示はファイルヘッダーが読み込まれていない。
解決策: (1)
　　　通常の IRAF を起動して、
　　　　　ecl> !xpaset -p ds9 fits file.fits
　　　　　によって、表示、ヘッダー共にOK.
解決策: (2)
　　　# apt install xpa-tools
　　　によって、xpaget, xpaset をインストールする。
　　　 --> !xpaset -p ds9 fits file.fits
　　　　　によって、表示、ヘッダー共にOK.

解決策: (3) pyds9 をインストールし、
　　　--> d.set("file file.fits")
　　　　　によって、表示、ヘッダー共にOK.

 IRAF インスト-ルは、
　　　IRAF GitHub Install 参照。

pyds9 インスト-ルは、下記参照

インストール方法変更の背景
参照 [https://sites.google.com/view/yas-nakajima/IRAF]
2018年にIRAFの配布方法が大幅に変わりました。 NOAOはIRAFのサポートを終了し、http://iraf.noao.eduから iraf.lnux.x86_64.tar.gzなどのファイルをダウンロードすることができなくなりました。
今後は有志によってIRAFのメンテナンスが行われるとのこと。 現状ではIRAFをダウンロード・インストールするには2通りあります。
  1. STScIのAstroCondaの一部としてインストールする方法。==> 別ページが表示されます。
  2. 有志によるGitHubでのプロジェクトからダウンロードしてインストールする方法。 ==> 別ページが表示されます。
ここでは、1.AstroCondaの一部としてインストールする方法について紹介します。
...
IRAFは2013年以降メンテナンスされていませんでした。そのため、IRAFにはバグや セキュリティ上の問題点も存在しており、NOAOとしても無責任に配布し続けるわけには いかなかったのでしょう。[ 2019-03-22 ]

原文の下記ウエブを参照してください。
http://ast.noao.edu/data/software
IRAF - Image Reduction and Analysis Facility
NOAO is transitioning IRAF to an end-of-support state, and has taken NOAO's IRAF distribution offline pending a final copyright and licensing review of the source code. Users interested in new IRAF installations during this review period may wish to consider the following two distributions: [Last updated or reviewed March 1, 2019.]
  1. The AstroConda Legacy Software Stack
  2. The IRAF Community Distribution

AstroConda を用いてのインスト-ルは、下記ウエブに記載されています。

本ウェブページは AstroConda を用いてのインストール例を、上記ウエブを参考にして 少し詳しく記述します。
はじめに、Anaconda/Minicondaの違いは、 インストールされるパッケージの違いです。
Minicondaは、「Python+conda+最小限のパッケージ」でAnacondaの最小構成版です。 pythonのインストールは簡単に行えますが、必要なパッケージや実行環境の構築は condaを使用して個別に行う必要があります。

Anaconda/Minicondaのメリット・デメリットは、このウエブを参照してください。
    "https://echomist.com/anaconda-vs-miniconda/"

ちなみにファイルサイズは2018年10月に試した時点で、10倍以上の差があります。
Anaconda Miniconda
ダウンロードサイズ 646MB 54MB
インストールサイズ 約3GB 約260MB
Minicondaのダウンロードには、 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html にアクセスし、ダウンロードします。
Miniconda
Windows Mac OSX Linux
Python 3.7 64-bit (exe installer) 64-bit (bash installer) 64-bit (bash installer)
32-bit (exe installer) 64-bit (.pkg installer)32-bit (bash installer)
Python 2.764-bit (exe installer) 64-bit (bash installer)64-bit (bash installer)
32-bit (exe installer) 64-bit (.pkg installer) 32-bit (bash installer)


https://astroconda.readthedocs.io/en/latest/installation.html#iraf-install によると、 ということです。Miniconda2 with Python 2.7 が推奨されているので、 をダウンロードしてインストールします。 ~/.bashrc 内の conda 関連の追加項目 
　　　# source ~/.bashrc 
　　　# >>> conda initialize >>>
　　　# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
　　　__conda_setup="$('/home/sasaki/IRAF/miniconda2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
　　　if [ $? -eq 0 ]; then
　　　   eval "$__conda_setup"
　　　else
　　　   if [ -f "/home/sasaki/IRAF/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
　　　       . "/home/sasaki/IRAF/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh"
　　　   else
　　　       export PATH="/home/sasaki/IRAF/miniconda2/bin:$PATH"
　　　   fi
　　　fi
　　　unset __conda_setup
　　　# <<< conda initialize <<<

　　　export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
　　　export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
　　　eval "$(pyenv init -)"

　　　# Add iraf setup commands
　　　if [ -e /home/sasaki/.iraf/setup.sh ]; then
　　　   source /home/sasaki/.iraf/setup.sh
　　　fi
現在の仮想環境のパッケージを確認 Conda のアンインストールには、アンイストール用のツールをターミナルより インストールする必要があります。

https://astroconda.readthedocs.io/en/latest/installation.html#iraf-install で推奨されているように、IRAF パッケージをインストールします。
http://www.kusastro.kyoto-u.ac.jp/~kazuya/p-kools/reduction-201604/install_software.html に従って、ソースレポジトリを追加し、続いてのIRAFインストールとなります。 個別のユーザでのインストールとなります。
IRAFインストールのログは、 ログの例(一部)は、 
  Collecting package metadata: done
  Solving environment: done
	
  ## Package Plan ##

  environment location: /home/sasaki/miniconda2/envs/iraf27
	
  added / updated specs:
  - iraf-all
  - pyraf-all
  - python=2.7
  - stsci
	
  The following packages will be downloaded:
  package                    |            build
  ---------------------------|-----------------
  acstools-2.1.0             |           py27_0          65 KB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  asdf-1.3.3                 |           py27_3         445 KB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  ...
  iraf-2.16.UR.1             |                0       185.1 MB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  iraf-all-1.0               |                1           5 KB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  ...
  stsci-3.1.0                |           py27_0           2 KB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  stsci-data-analysis-2.2.0  |           py27_0           2 KB  http://ssb.stsci.edu/astroconda
  ...
	
  The following NEW packages will be INSTALLED:
  acstools           astroconda/linux-64::acstools-2.1.0-py27_0
  asdf               astroconda/linux-64::asdf-1.3.3-py27_3
  ...

  Proceed ([y]/n)? y

  Downloading and Extracting Packages
  traitlets-4.3.2      | 128 KB    | ##################################### | 100%
  pexpect-4.7.0        | 80 KB     | ##################################### | 100%
  ...
  
  Preparing transaction: done
  Verifying transaction: done
  Executing transaction: done
  #
  # To activate this environment, use
  #
  #     $ conda activate astroconda
  #
  # To deactivate an active environment, use
  #
  #     $ conda deactivate
以上が、インストールログの例です。

インストールされたパッケージを確認します。
IRAFの個別ユーザー環境を設定する。

pyds9 のインストール 
      pipはPythonのパッケージを管理するためのツールのインストール
   # curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
   # python  get-pip.py 
         DEPRECATION: Python 2.7 will reach the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 won't be maintained after that date. A future version of pip will drop support for Python 2.7. More details about Python 2 support in pip, can be found at https://pip.pypa.io/en/latest/development/release-process/#python-2-support
         WARNING: The directory '/home/sasaki/.cache/pip/http' or its parent directory is not owned by the current user and the cache has been disabled. Please check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
         WARNING: The directory '/home/sasaki/.cache/pip' or its parent directory is not owned by the current user and caching wheels has been disabled. check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
         Collecting pip
         Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/30/db/9e38760b32e3e7f40cce46dd5fb107b8c73840df38f0046d8e6514e675a1/pip-19.2.3-py2.py3-none-any.whl (1.4MB)
         |????????????????????????????????| 1.4MB 9.7MB/s
         Collecting setuptools
         Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/b2/86/095d2f7829badc207c893dd4ac767e871f6cd547145df797ea26baea4e2e/setuptools-41.2.0-py2.py3-none-any.whl (576kB)
         |????????????????????????????????| 583kB 57.8MB/s
         Collecting wheel
         Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/00/83/b4a77d044e78ad1a45610eb88f745be2fd2c6d658f9798a15e384b7d57c9/wheel-0.33.6-py2.py3-none-any.whl
         Installing collected packages: pip, setuptools, wheel
         Successfully installed pip-19.2.3 setuptools-41.2.0 wheel-0.33.6

   $ sudo pip install --upgrade pyds9
         DEPRECATION: Python 2.7 will reach the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 won't be maintained after that date. A future version of pip will drop support for Python 2.7. More details about Python 2 support in pip, can be found at https://pip.pypa.io/en/latest/development/release-process/#python-2-support
         WARNING: The directory '/home/sasaki/.cache/pip/http' or its parent directory is not owned by the current user and the cache has been disabled. Please check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
         WARNING: The directory '/home/sasaki/.cache/pip' or its parent directory is not owned by the current user and caching wheels has been disabled. check the permissions and owner of that directory. If executing pip with sudo, you may want sudo's -H flag.
         Collecting pyds9
         Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/c2/cb/b9a20a6479a44eb9bbc2cb313469feed3da94707f325195dee2d6ca491bd/pyds9-1.8.1.tar.gz (888kB)
         |????????????????????????????????| 890kB 7.7MB/s
         Collecting six (from pyds9)
         Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/73/fb/00a976f728d0d1fecfe898238ce23f502a721c0ac0ecfedb80e0d88c64e9/six-1.12.0-py2.py3-none-any.whl
         Building wheels for collected packages: pyds9
         Building wheel for pyds9 (setup.py) ... done
         Created wheel for pyds9: filename=pyds9-1.8.1-cp27-none-any.whl size=406996 sha256=a7b6c34b4e2a944b47cad7baa268239e107c8f47f977021237a16e98ba8b8f7e
         Stored in directory: /home/sasaki/.cache/pip/wheels/a0/d0/57/5ef227fa017abeef368e24c42131cdde45cb10b4fa41f03dac
         Successfully built pyds9
         Installing collected packages: six, pyds9
         Successfully installed pyds9-1.8.1 six-1.12.0

   $ python
      ... (startup messages) ...
      >>>  import pyds9 

	    An instance of ds9 was found to be running before we could
	    start the 'xpans' name server. You will need to perform a
	    bit of manual intervention in order to connect this
	    existing ds9 to Python.

	    For ds9 version 5.7 and beyond, simply register the
	    existing ds9 with the xpans name server by selecting the
	    ds9 File->XPA->Connect menu option. Your ds9 will now be
            fully accessible to pyds9 (e.g., it appear in the list
            returned by the ds9_targets() routine).

            For ds9 versions prior to 5.7, you cannot (easily) register
            with xpans, but you can view ds9's File->XPA Information
            menu option and pass the value associated with XPA_METHOD
            directly to the Python DS9() constructor, e.g.:

               d = DS9('a000101:12345')

            The good news is that new instances of ds9 will be
            registered with xpans, and will be known to ds9_targets()
            and the DS9() constructor.


    $ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/xpans
    $ xpaset
         Command 'xpaset' not found, but can be installed with:
         sudo apt install xpa-tools
    # apt install xpa-tools
      以下のパッケージが新たにインストールされます:
         libxpa1 xpa-tools
    $ whereis xpaset
      xpaset: /usr/bin/xpaset /usr/share/man/man1/xpaset.1.gz
      



    
    $ pyraf
    --> import pyds9
    --> d = pyds9.DS9()    # will open a new ds9 window or connect to an existing one
                             # with -xpa connect (as default)
    --> print(pyds9.ds9_targets()) 	 # for checking the ds9 connection
         ['DS9:ds9 7f000001:39439']
    -->  d.set("file /mnt/diskB/00SiteSurveyData/00SiteSurveyData/000_A40M_Images_Analysed/03_Ali/2013/201301/20130101A/20130101AWMMs/CM2_Gar20130101235824CWMMs.fits")
           ==> ○Display on ds9 OK!!! and ○Headers are also OK.
    --> display /mnt/diskB/00SiteSurveyData/00SiteSurveyData/000_A40M_Images_Analysed/03_Ali/2013/201301/20130101A/20130101AWMMs/CM2_Gar20130101235824CWMMs.fits 2
        z1=0. z2=300000.
        ==> ○Display on ds9 OK!!! and ▲Headers are NG!!!
      -->  !xpaset -p ds9 fits /mnt/diskB/00SiteSurveyData/00SiteSurveyData/000_A40M_Images_Analysed/03_Ali/2013/201301/20130101A/20130101AWMMs/CM2_Gar20130101235824CWMMs.fits
        ==> ○Display on ds9 OK!!! and ○Headers are also OK.

    [ some other commands on pyds9]
    --> !ds9 &
    --> !/home/sasaki/0Downloads/ds9 &

    --> d.get('frame')
    '1'
    --> d.set("frame new")
    --> d.set("frame delete")
    --> d.set("frame delete all")
    --> d.set("frame new")

    --> d.get("frame frameno")
    '2'
    --> d.set("frame frameno 3")
    --> d.get("frame frameno")
    '3'
    --> d.get("frame all")
    '1 2 4 3'
    --> d.set("header")
         ==> appears sub-winows
    --> d.set("header close")

    --> d.set("zoom to fit")
    --> .exit
    



 





	     
 IRAF の動作確認